Для  зміни ступеня оборотоздатності аграрної ноти боржник за аграрною нотою в електронному кабінеті в Реєстрі аграрних нот оформлює повідомлення про зміну ступеня оборотоздатності аграрної ноти з накладанням кваліфікованого електронного підпису або удосконаленого електронного підпису, що базується на кваліфікованому сертифікаті електронного підпису, та електронної печатки (для юридичних осіб) боржника, яке потребує також  засвідчення кредитором та іншими учасниками відносин щодо певної аграрної ноти згідно Порядку ведення Реєстру аграрних нот.

Центральний депозитарій не пізніше наступного операційного дня після отримання повідомлення про зміну ступеня оборотоздатності аграрної ноти в порядку обміну інформацією між Реєстром аграрних нот та системою депозитарного обліку, реєструє та перевіряє надані документи та у випадку відсутності зауважень здійснює:

1) відображення інформації про зміну ступеня оборотоздатності аграрної ноти в анкеті фінансового інструмента;

2) оформлює внутрішнє розпорядження на переоформлення документа про введення неемісійного цінного паперу та документ про ведення неемісійного цінного паперу до системи депозитарного обліку, які  засвідчуються електронною печаткою Центрального депозитарія. При переоформленні документа про введення неемісійного цінного паперу до системи депозитарного обліку Центральний депозитарій здійснює погашення раніше депонованого документа про введення неемісійного цінного паперу до системи депозитарного обліку шляхом вилучення із електронної бази даних.

Після завершення операції боржнику за аграрною нотою  надається через електронний кабінет в Реєстрі аграрних нот підтвердження виконання операції.