Для обліку аграрних нот Центральний депозитарій відкриває депозитарним установам виключно сегреговані рахунки згідно з Правилами та цим Регламентом.

При обслуговуванні депозитарною установою рахунку в цінних паперах депонента, який є кредитором за аграрною нотою, депозитарна установа взаємодіє з Центральним депозитарієм щодо:

• складання переліку власників цінних паперів (аграрних нот);проведення депозитарних операцій щодо аграрних нот, з відображенням для обмежено оборотоздатних нот відомостей щодо того, чи здійснюється відчуження з порукою або без поруки;
• направлення повідомлень через депозитарну систему;
• складання переліку власників цінних паперів (аграрних нот);
• забезпечення дотримання ступеня оборотоздатності аграрної ноти;
• направлення до Центрального депозитарію засобами СОІ повідомлення про виявлення факту відповідності кредитора за аграрною нотою щонайменше одному із критеріїв, визначених статтею 4 Закону України "Про аграрні ноти". Повідомлення направляється депозитарною установою не пізніше наступного операційного дня після виявлення відповідного факту;
• направлення до Центрального депозитарію засобами СОІ повідомлення про результати перевірки за запитом Центрального депозитарія щодо встановлення наявності/відсутності факту відповідності кредитора за аграрною нотою критеріям, визначеним статтею 4 Закону України "Про аграрні ноти".

Для забезпечення виконання зобов’язання за фінансовою аграрною нотою Центральний депозитарій надає засобами СОІ до депозитарної установи, на рахунку в цінних паперах якої обліковується відповідна фінансова аграрна нота, запит щодо встановлення наявності/відсутності факту відповідності кредитора за аграрною нотою щонайменше одному із критеріїв, визначених статтею 4 Закону України «Про аграрні ноти». Депозитарна установа має надати засобами СОІ відповідь на запит не пізніше наступного операційного дня після отримання зазначеного запиту.