Центральний депозитарій здійснює внесення змін до системи депозитарного обліку не пізніше наступного операційного дня після отримання інформації з Реєстру аграрних нот про виконання зобов'язання за аграрною нотою, які пов'язані із:

• припиненням товарної аграрної ноти внаслідок повного виконання зобов'язання за товарною аграрною нотою;

• припинення аграрної ноти внаслідок припинення зобов'язання за аграрною в повному обсязі з інших підстав, ніж виконання зобов'язання (крім викупу боржником виданої ним аграрної ноти).

Центральний депозитарій здійснює списання аграрної ноти з сегрегованого рахунку відповідної депозитарної установи, на якому вона обліковується, без розпорядження депозитарної установи згідно умов депозитарного договору в порядку, встановленому Правилами та іншими внутрішніми документами Центрального депозитарію, з одночасним відображенням на відповідному відокремленому рахунку депонента-кредитора за такою аграрною нотою, відкритого депозитарною установою, а також погашення раніше депонованого документа про введення неемісійного цінного паперу до системи депозитарного обліку.

У випадку викупу боржником виданої ним аграрної ноти, Центральний депозитарій не пізніше наступного операційного дня після отримання інформації з Реєстру аграрних нот про припинення зобов'язання за аграрною нотою в повному обсязі здійснює списання аграрної ноти з рахунку у цінних паперах боржника та погашення раніше депонованого документа про введення неемісійного цінного паперу до системи депозитарного обліку.